La película comienza con el nacimiento de la empresa del científico Seth Brundle (interpretado por Jeff Goldblum en la primera película). La mujer (que en la película de 1986 fue interpretada por Geena Davis) muere asustada dando a luz a una larva de una mosca en la que, sin embargo, hay un niño físicamente normal. Aunque no se nota en su nacimiento, el niño está sufriendo del síndrome de Brundle, y crece rápidamente, tanto física como intelectualmente. A los cinco años tiene ya la apariencia de un hombre de 25. Martin Brundle sigue los experimentos de su padre y perfecciona los telépodos de teletransportación. Sin embargo, él tiene fusionados los ADN de un hombre y de una mosca en el suyo, por lo que su rápido crecimiento como humano es solo el desarrollo larvario de una nueva especie hombre-mosca nunca antes vista.